Након покретања, материјал се ставља у резервоар за материјал за замрзавање. Процес замрзавања укључује два аспекта: прво, вакуумски систем уклања влагу повлачењем вакуума; друго, како се материјал смрзава, неки молекули воде се избацују на површину и замрзавају. Када се испуни захтев за замрзавање, систем грејања загрева и суши материјал, стварајући вакуум како би уклонио преосталу влагу, која се затим преноси у замрзивач да се замрзне, чиме се постиже захтев-за сушење замрзавањем.
{0}}Сушење замрзавањем се односи на процес уклањања воде или других растварача из замрзнутих биолошких производа сублимацијом. Сублимација се односи на процес у којем растварач, као што је вода, попут сувог леда, директно прелази из чврстог у гасовито стање без пролаза кроз течно стање. Производ добијен замрзавањем-сушењем назива се лиофилизатор, а процес се назива-сушење замрзавањем. Традиционално сушење изазива скупљање материјала и оштећује ћелије. Током сушења замрзавањем{7}} структура узорка није уништена јер чврсте компоненте на свом месту подржава лед. Како лед сублимира, оставља поре у осушеном остатку. Ово чува интегритет биолошке и хемијске структуре производа и његову активност. У лабораторији,{11}}сушење замрзавањем има много различитих примена и неопходно је у многим биохемијским и фармацеутским применама. Користи се за добијање биолошких материјала који се могу дуго чувати, као што су микробне културе, ензими, крв и лекови, задржавајући не само своју дуготрајну-стабилност већ и своју инхерентну биолошку активност и структуру. Из тог разлога, лиофилизација се користи за припрему узорака ткива за структурне студије (као што је електронска микроскопија). Лиофилизација се такође примењује у хемијској анализи, обезбеђујући осушене узорке или концентрисане узорке за повећање аналитичке осетљивости. Лиофилизација стабилизује компоненте узорка без промене њиховог хемијског састава, што га чини идеалном аналитичком помоћи. Лиофилизација се може десити природно. У природним условима, овај процес је спор и непредвидив. Кроз развој система лиофилизације, многи кораци су побољшани и рафинирани, убрзавајући овај процес.
